Тонкая настройка MySQL

Для начала рекомендую ознакомиться со следующими ссылками - Tuning Server Parameters Performance Tuning Tips.
Для большинства серверов с MySQL версии 5 подойдет следующая конфигурация:

key_buffer = 16M
max_allowed_packet = 4M
table_cache = 64
sort_buffer_size = 16M
net_buffer_length = 2M
thread_cache_size = 4
query_cache_type = 1
query_cache_size = 4M
# Параметры кодировки
default-character-set=cp1251
character-set-server=cp1251
collation-server=cp1251_general_ci
init-connect="SET NAMES cp1251"

skip-character-set-client-handshake